Оператор имел эксклюзивный доступ на непосредственное удаление номенклатуры (не будем обсуждать порочность данной практики)

Удалил 2 штуки.

Можно ли восстановить их из копии (с помощью оле или КД) чтобы они ТОЧНО легли по гуидам из провисших ссылок

Разумеется. ВыгрузкаЗагрузкаXML на ИТС спасёт тебя от повисших ссылок, а оператора от долгой и мучительной казни.

Надюсь, ты сделал для себя выводы?