Принцип работы в одном и другом режиме разный.
Записывать выбранные - записывают все наборы, где маркер Записывать = Истина. (программист сам устанавливает на свое усмотрение что записывать, а что нет)
Записывать модифицированные - для этого режима система к конце обработки проведения сама определяет модифицированные наборы, для них ставит маркер Записывать = Истина и записывает их.

Процедура ОбработкаПроведения(Отказ, Режим)

Движения.ОстаткиТоваров.Записывать = Истина;

Движения.ОстаткиТоваров.Очистить();

Для каждого Стр Из СписокТоваров Цикл
  Движение = Движения.ОстаткиТоваров.ДобавитьРасход();
  Движение.Период = Дата;
  Движение.Товар = Стр.Товар;
  Движение.Количество = Стр.Количество;
КонецЦикла;

КонецПроцедуры

Для выше приведенного года результат работы и в режиме «Записывать выбранные» и в «Записывать модифицированные» будет одинаков. Или я ошибаюсь?
Какой должен быть пример, чтобы результат был разный? (Разный в плане изменения данных субд или производительности системы)
Везде пишут, что «Записывать выбранные» предпочтительнее, типа меньше блокировок, но нигде не пишут за счет чего меньше. Подскажите, кто понимает в чем тут дело?

По текущей методологии вендора -
Те документы, которые не удаляют движения автоматически - в подписку, которая это сделает.
И Записывать указывать руками безальтенативно.

Тут я с вендором согласен.
Делай по технологии и не будет проблем

(1) да это вы написали как надо делать. Спору нет, как делать понятно. Вопрос был все-таки почему именно так надо делать. Хотелось бы на примере понять, в чем разница, а не просто верить на слова "что так выше производительность и все тут".

(3) Записывать модифицированные - мне кажется разрабы просто на это запили)

(3) Запись всех движений и одинаковый порядок - профилактика дедлоков.