Вопрос закрыт. Нашел примечание на ИТС:
Внимание! Следует обратить внимание, если вы работаете с бюджетным отчетом или планируете бюджетные данные с использованием документа планирования, и бюджетный отчет или документ предполагает несколько периодов с данными, то начальные остатки по расчетным показателям будут получены только на начало первого периода, остатки на остальные периоды будут расчетными, от оборотов статей бюджетов, влияющих на показатели, что для плановых данных, что для фактических. Остатки по расчетным показателям будут всегда расчетными.