В сильно переписанной УТ 10.2 обновляю блок для работы с торговым оборудованием, обработки ТОНастройка и ТОСервер
Эти обработки ссылаются на модули в которых процедуры и функции ссылающиеся на другие модули.

Если переносить модули и после проверки синтаксиса переносить другие модули на которые ссылается первый, то добавляются лишние процедуры и функции с дальнейшими ссылками что требует переноса большого количества модулей.

Если переносить только нужные процедуры и функции, то получается дольше, но меньше лишних модулей и прочего.

Как можно упросить эти периодические обновления? Может есть какая-то обработка, которой можно парсить выгруженные файлы (модули) из конфигурации и строить дерево нужных процедур и функций от конкретного объекта метаданных? Или все как-то делается по другому и проще?

переносить всё, что в подсистеме валяется..не так и много

(1) Ну так оно и делается, только модули одной подсистемы ссылаются на модули других подсистем и т.п.

(2) в твоём случае, ТОСервер можно обновлять..никогда. В них ничего не меняется годами. Последнее "важное" обновление - это переход на онлайн кассы и заместо фискальникв, появление вкладки ккт. А так, там и обновлять нечего

Напиши метамодель и по ней генерируй код. Заодно и тестами все покроешь.