В документе есть табл. часть которую нужно занести в регистр сведений.

Я написал цикл, но он начал выдавать ошибку "Запись с такими ключевыми полями существует"

Набор измерений (и период если есть) должны быть уникальны

(1) Регистр сведений назвали так по недоразумению. На самом деле это регистр уникальностей.