Есть подозрение, что файл, отправленный в банк, и присланный из банка - отличается на наименование плательщика.

Версий нету, т.к. у клиента не хранятся оные.
Сделаем хранение, но пока просто вот такой вопрос.

Никто не сталкивался?(с)

Не указано содержание файла. В связи  с чем вопрос сохраняет неопределенность содержания.

Например, возможна ситуация, при которой обозначение плательщика в поступивших на счет суммах загружено таким, каким оно получено из банка плательщика.

А в ваших исходящих платежках могло быть выгружено искаженное или неактуальное название, связанное с небрежностью ведения справочника контрагентов или с его несвоевременным обновлением.
ем не менее, платежи исполнены, поскольку ПО банка настроено на поиск по ИНН, а не по наименованию.