Есть ли в УПП 1.3 восстановление последовательности с отбором по организации ?

Есть.

Хотя смотря какая последовательность.

В смысле вид учета.

нашел восстановление состояния расчетов с контрагентами, но в ней нельзя указать за какой квартал будут перепроводиться документы ..Общая система, упр,бух.

(3) обрати внимание на (2)

последовательность по партионному учету

есть ли внешние обработки восстановления последовательности с отборами по организации и за период ?

(6) Восстанавливать последовательность "за период" нет никакого смысла. Её нужно восстанавливать с границы последовательности. Иначе всё, что до периода - будет опять кривым.

Обработка Проведение по партиям.