поступление безналичных денежных средств из УТ грузится в БП3 как Поступление на расчетный счет не проведённые, в предупреждениях нет ничего про них. что куда копнуть, или это фича?  

P.S.   документы проводятся и из формы документа и из списка без ошибок

файловая, SQL?

(0) Без предупреждений в последних версиях БП такого быть не должно. Быть может обмен не успевает выполниться полностью? Фоновое задание помирает после записи документов или пользователи запускают несколько обменов одновременно.

(1) SQL

(2)  попробую единичный док выгрузить и ЖР с обеих сторон глянуть

Да, похоже в одном из документов была ошибка  и  обмен не проводил документы за собой.