Пользователи работают в терминале (Win2008R2). Можно ли имея доступ к серверу посмотреть, какие базы у какого пользователя подключены?

(0) можно

(0) Можно, разрешаю.

(0) список баз можно задать общий для пользователей, а по умолчанию базы у каждого пользователя в его папке хранятся.
Тут подробно расписали https://habr.com/ru/post/179405/

Я в итоге пошел другим путем: почистил у всех пользователей все списки баз и написал свой лаунчер.
И теперь централизовано управляю списком доступных баз для каждого пользователя. https://catalog.mista.ru/public/957659/

Расположение баз 1С засекречено. Это только генеральный штаб знает.
А (3) тебе врет. Кстати, товарищ, покажите документы....

(0) Можно настроить отдельный ярлык который будет открывать конкретную базу. И ваши списки баз идут лесом:)