Инвентаризацию, и комплектацию не предлагать. Нужен грубый способ: есть товар на сумму А, надо заменить другим товаром на ту же сумму. (Правомерность не обсуждаем). Все на уровне склада. Можно обработкой, причем сумму "прихода" под "А" могу подогнать вручную.

(0) Самый "грубый способ" - бухгалтерской справкой (по бухгалтерски) и ручной операцией (по 1с-ному).

Нельзя, потом у 1С съедет крыша и вы концов несобирёте

(1) Т.е. товар "списываем" не промежуточный бухсчет по цене учета. Смотрим итоговую сумму. С того же счета обратно заводим новый товар... Тут нужна обработка, где есть множитель, который пропорционально меняет цену для подгонки. В доках реал и покупки есть встроенный мех-зм.
(2) Риски есть, но осмысленные)) Партионного учета нет. От кого товар неважно. Операцию делаем 31.12.18. Образно говоря, нужна вторая база с другим товаром, но баланс чтоб совпал.

В администрирование есть поиск дублей, ей можно один элемент заменить на другой.

(3) вопрос не в партионном учете а в учете по регистра для целей учета НДС/УСН. Если двинуть 41, а регистры не двигать, но у 1С начнется каша и вы будете долго разбираться почему это в расходы не попадает, или  НДС восстанавливает