Доброе утро. Подскажите пожалуйста, есть ли различия между работой с базой через  веб-сервер и напрямую с сервером 1С (клиент-серверный вариант)? Могут ли быть потери в производительности?

Да, есть. Да, огут

(1) А в чем может быть причина? Хотя бы поверхностно)

(2) В дополнительном посреднике

(3) А сколько пользователей может выдержать тот же Apache? При условии, что можно комфортно работать.

(4) ну ты же сам должен понимать, что однозначно ответить на этот вопрос не возможно. Смотря какое железо, как настроено, какая конфа и т.д. и т.п.

[При условии, что можно комфортно работать] Что за условие такое? Это же все субъективно, кому-то и проведение накладной за 30 секунд может казаться комфортной работой.

Да и в целом, что ты именно хочешь? Через браузер работать?