Запрос:

    "ВЫБРАТЬ
    |    ХозрасчетныйОстатки.Счет,
    |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 КАК МЦ,
    |    ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокДт КАК Сумма,
    |    ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстатокДт КАК Количество,
        |       ХозрасчетныйОстатки.Субконто1.Наименование КАК Наименование
    |ИЗ
    |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(
    |            &Дат,
    |            Счет В ИЕРАРХИИ (&Сч10)
    |                ИЛИ Счет В ИЕРАРХИИ (&Сч41)
    |                И НЕ Счет В (&СчетаИскл),
    |            ,
    |            Организация = &Организация
    |                И Субконто2 = &Склад) КАК ХозрасчетныйОстатки
    |
    |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    |    Наименование";

    Запрос.УстановитьПараметр("Сч10", ПланыСчетов.Хозрасчетный.Материалы);       //все Материалы
    Запрос.УстановитьПараметр("Сч41", ПланыСчетов.Хозрасчетный.Товары);          //все Товары
    
    СчетаИскл=Новый СписокЗначений;
    СчетаИскл.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.МатериалыПереданныеВПереработку);
    СчетаИскл.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.СпецоснасткаИСпецодеждаНаСкладе);
    СчетаИскл.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.СпецодеждаВЭксплуатации);
    СчетаИскл.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.СпецоснасткаВЭксплуатации);
    
    Запрос.УстановитьПараметр("СчетаИскл", СчетаИскл);
    Запрос.УстановитьПараметр("Дат", КонецДня(НачПериода));
    Запрос.УстановитьПараметр("Организация", Организация);
    Запрос.УстановитьПараметр("Склад", Склад);
    
    Результат = Запрос.Выполнить();

В некоторых случаях в результат попадают данные не на конец дня, а на начало. КонецДня(НачПериода) отрабатывает правильно. Обнаружил, что в одном из случаев имеется ручная операция с датой 28.02.2019 23:59:59. Данные из нее и не попадают в результат запроса... Как тут быть?

(0) добавь 1 к концу дня

КонецДня отрабатывает согласно документации. А тут быть с использованием границы.

Использовать границу