Имеется реквизит с типом ХранилищеЗначений, в него записываю структуру, вот таким способом

ХранилищеСтруктуры = Новый ХранилищеЗначения(Структура, Новый СжатиеДанных(9));
ДокументОбъект = РеквизитФормыВЗначение("Объект");
ДокументОбъект.Архив = ХранилищеСтруктуры;
ДокументОбъект.Записать();
ЗначениеВРеквизитФормы(ДокументОбъект, "Объект");

проблема заключается в том, что когда я записываю другие данные у меня плюсуется к первой структуре вторая и так далее, пытался перед записью присвоить реквизиту неопределённо, почему то не очищается. Как в моем случаи перед записью очистить данный реквизит с типом ХранилищеЗначений

Структуру каждый раз заново создавай

"почему то не очищается" - что не очищается? Реквизит с типом ХранилищеЗначений не может хранить значение Неопределено.
"у меня плюсуется к первой структуре вторая и так далее" - что это значит? какие такие "другие данные"? Вы что-то не правильно делаете в алгоритме.