Подскажите как повторно сопоставить объекты, периодически задваивается счет организации и пару контрагентов!? как сопоставить?

Денег жалко? Нанять того кто решит проблему

сколько?
хотелось бы навели на путь как это самому решать в следующий раз, а не платить?

БП3 после синхронизации с ЗУП3.1 задвоилась часть физ лиц

"Публичные идентификаторы синхронизируемых объектов" в поиск, там хранится инфа о сопоставлениях.
Надо делать замену ссылок в базе и править этот РС, затем можно будет удалить дубли.

(3) А разве типовая обработка замены дублей не меняет заодно и в этом регистре?
Насколько я помню со времен УПП - меняет. Т.е. обменялись, увидели дубли, почистили их обработкой, при повторном обмене дубли не должны появляться если у данного объекта в правилах обмена есть идентификация по УИД.

(4) И синхронизация вероятно упадет с ошибкой потому что будут две записи для одной ссылки на объекта.

(5) Не упадёт. будет >1 записи - разные уид объёкта источника и одна и та же ссылка в текущей базе. Это нормально.

(0) ГУИДы объектов между базами хранятся в РС "Соответствия объектов информационных баз"

Если есть проблема с задвоением то она легко решается.
Например

"С выгруженным же элементом справочника Организации произошло следующее: программа посчитала приоритетным элемент, созданный позже в программе Бухгалтерия 3 и заменила этим элементом в ЗУП 3 карточку организации, затерев тем самым заведенные в ней коды.

Эту проблему легко исправить. Вернемся к нашей настройке синхронизации в ЗУП 3 в разделе Администрирование. Видим, что после того, как был произведен с 1с бухгалтерия обмен данными, у нас появилось одно предупреждение

Нажав на эту ссылку, в открывшейся форме мы можем посмотреть отличия в синхронизированных элементах справочника Организации и изменить результат загрузки, нажав на кнопку "Пересмотреть""

(0) "А после дальнейшей синхронизации заменит прежнюю карточку в Бухгалтерии.

Аналогичным образом можно разрешать все подобные конфликты, обычно возникающие при выгрузке справочников Подразделения, Физические лица и т.п., элементы которых выгружаются, с документами, имеющими на них ссылки."

(7) Тут речь про УТ11 и БП3 (а не про ЗУП3 и БП3) так что все же
РС "Публичные идентификаторы синхронизируемых объектов"