ЭлементОтбора = Номенклатура.Отбор.Ссылка;
    ЭлементОтбора.ВидСравнения = ВидСравнения.НеВСписке;
    ЭлементОтбора.Значение = СписокСайтовойНоменклатуры;
    ЭлементОтбора.Использование = Истина;
    Элементыформы.Номенклатура.НастройкаОтбора.Найти("Ссылка").Доступность=Истина;

Извините. Опять тут какие-то непонятки с редактором сообщений

Торговля 10.3 толстый клиент. обычная форма
Суть проблемы в том, что в коде устанавливается новый список для отбора, но новый отбор не влияем на отображение списка до тех пор пока не зайдёшь в "воронку" не посмотришь на этот список и нажмёшь "ОК".

Как сделать так, чтобы отбор срабатывал сразу после установки ?

Ут10.3 ЧекККМ форма списка.
    
Если ЗначениеЗаполнено(СкладПользователя) Тогда
    Отбор.Найти("Склад").Установить(СкладПользователя);
КонецЕсли;

Помогло
Номенклатура.Обновить();