ЗУП 3.1.9.159, типовая. При формировании отчёта 6-НДФЛ за год по основному и обособленному подразделениям, в оба отчёта попадают все сотрудники, а не по подразделениям. С чем это может быть связано? Куда копать?

(0) может забыли ЗУП КОРП купить?

(1) зачем ЗУП КОРП? Ранее всё формировалось корректно. За первые 9 месяцев 2018 - тоже корректно.
Сейчас в настройках расчёта зарплаты снял чекбокс "Расчет и выплата зарплаты выполняется по организации в целом", теперь отчёт формируется почти корректно, за исключением одного сотрудника, который был принят в обособленное подразделение, уволен в декабре, но в отчёт 6-НДФЛ почему-то попадает по двум подразделением. Вернее, в отчёт по основному подразделению попадают начисления из документа увольнения.

(1) Шутник
(0) Вы думаете, что подразделение обособденное, а 1с с вами не согласна

(3) это как? В базе одна организация, в ней отмечен чекбокс "У организации есть филиалы (обособленные подразделения)". Так есть два подразделения: основное подразделение и обособленное подразделение. В обособленном, соответственно, отмечен чекбокс "Это - обособленное подразделение". У подразделений разные ИФНС.
Почему 1С не согласна?

(4) Да откуда ж я знаю, я по сообщениям не гадаю. Но факт в том, что 1с с вашими представлениями не согласна и делает одинаковый отчет.

Могу только гадать - в справочнике "Регистрации в налоговом органе" что-то не так настроено. Или в обособленном подразделении привязана не та регистрация в ИФНС, а вы думаете что та.

Смотрите историю регистраций в налоговом органе, смотрите сам справочник регистраций, и да пребудет с вами сила.

(5) отчёт не одинаковый. В данный момент в отчёт по основному подразделению попадает один "лишний" сотрудник. Вернее, этот сотрудник попадает в отчёт по обособленному подразделению, куда и должен, но в отчёт по основному попадает одно начисление по увольнению этого сотрудника.
Регистрации в налоговых органах верные, в истории изменения регистрации месяц и год регистрации верные.

Перепровёл документ увольнения - теперь оплата по окладу попадает в обособленное подразделение. Но компенсация отпуска всё ещё попадает в основное.

(7) Как вариант регистрацию ввели задним числом и о перепроведении никто и не думал.