Мы случайно 2 подразделения.

Есть резервная копия, в которой присутствуют оба подразделения и, соответственно, все документы висят в правильном виде, какие-то на подразделении А, какие-то на подразделении О. В рабочей базе все документы, что висели на А или О теперь висят только на О.

Как теперь вернуть всё в зад?

Включаем режим телепата. Случайно 2 подразделения.... удалили? объединили?

Замена ссылок, удаление дублей

(0) развернуть копию, добавить туда изменения с момента создания копии по текущий день

Короче жопа) Получаешь из копии уиды всего всего из копии базы. Затем пробегаешься по базе находишь по УИДам все свои данные и меняешь на нужное подразделение. Моменты:
1. Доки надо будет перепровести, а это не есть гуд, если не перепроводить, то нужно будет еще и в режиме обмена менять движения документа.
2. Альтернатива в (3), но тут тоже внимательно, ведь данные подход не перенесет изменения старых документов, те которые нужны, ну и собственно доки введенные задним числом.