Подскажите, пожалуйста, выгрузил конфу в файлы, а где там конфа поставщика?
Может, есть какие средства, позволяющие делать обновление круто доработанных типовых, но так чтобы и в новом релизе указывалось, что объект обновлён с нашей стороны? Чтоб не в каждую итерацию сравнения снова все модули с галочками.
Там, куда ты выгрузил конфу поставщика.
Основная конфигурация и конфигурация поставщика - это две разные конфигурации. При выгрузке основной конфигурации в файлы конфигурация поставщика никуда не выгружается.