Если в обработчике "После загрузки"

"Руками" запишу объект, тогда чей гуид будет, база приёмник сгенерирует или источника?

"Руками" это так:
Попытка
Объект.Записать();
    
Исключение
    
КонецПопытки;

просто ситуация спорная пытаюсь выяснить причину, всегда думал что гуид должен быть по любому источника если я конечно руами не создаю новый объект

Если уид пришел из источника, он присваивается до записи. Если нет, то генерируется в момент записи.

Разумеется, это все в допущении, что объект не был найден в приемнике.

(2) так и предпологал, в каком случае он может потеряться или не выгрузиться?

(4) выгрузка естественно по правилу

Не выгрузится может, если в источнике в ПКО передается не объект. Еще из 7.7.
Потеряться - не знаю.
В Файл загляни.

Если в ПКО снят флаг поиска по УИД, то УИД будет из базы приемника?

(7) Да