Подскажите, как проще всего реализовать такую задачу:
программно найти любые ссылки на объект, которые определенных типов метаданных (пару регистров, справочников), и кроме некоторых значений метаданных.

Например, найти все ссылки на контрагента "иванов", кроме регистра сведений "Контактные данные", справочника "договора", и кроме заказа покупателя с номером 1.

(0) посмотри как работает поиск ссылок на объект, и добавь туда свои условия.

(1) сори платформеная операция.
Можно вот так попробовать.
НайтиПоСсылкам (FindByRef)
Синтаксис:
НайтиПоСсылкам(<Список ссылок>)
Параметры:
<Список ссылок> (обязательный)
Тип: Массив. Массив со списком ссылок на объекты, ссылки на которые нужно найти.
Возвращаемое значение:
Тип: ТаблицаЗначений. Возвращает ссылки на найденные объекты в виде ТаблицаЗначений, состоящей из колонок с индексами: 0 - искомая ссылка; 1 - ссылка на объект, если найдена ссылка в объектной таблице; ключ записи, если ссылка найдена в независимом регистре сведений; ссылка на документ-регистратор для всех остальных необъектных таблиц; 2 - объект метаданных, которому соответствуют данные из колонки 1.
Описание:
Осуществляет поиск ссылок на объекты, переданные в параметре <Список ссылок>.
Пример:
Ссылки = НайтиПомеченныеНаУдаление();
ТабСсылок = НайтиПоСсылкам(Ссылки);
Для Каждого Ссылка из ТабСсылок Цикл
    Сообщить ("" + СокрЛП(Ссылка[0]) + " " + СокрЛП(Ссылка[1]));
КонецЦикла;