Здравствуйте!
https://cloud.mail.ru/public/3He3/58euo38ik
Где указать способ отражения для автоматического заполнения документа?

В статьях расходах для каждого подразделения счет распределения задан.
Но одних программа заполняет, других нет, 3х не на тот счет распределяет.

Способ отражения зарплаты определяет аналитику учета начислений и взносов в финансовом учете. Справочник располагается в разделе Зарплата – Настройки и справочники – Нормативно-справочная информация.

Способы отражения задаются для начислений, подразделений или сотрудников.

(2) Понятно, что "Способы отражения задаются для начислений, подразделений или сотрудников."
Осталось выяснить, заданы ли они.