Disclaimer. Длинный текст, кому не интересны потроха файловых баз древних версий, проходите мимо.

Файловая база 8.2.13 (не спрашивайте почему).
Были изменены предопределенные элементы плана счетов. На одном добавлено субконто, на другом у субконто снят признак "только обороты". Обновление прошло без ошибок.

Через некоторое время пользователи жалуются, что регламентный зачет авансов формирует неверные проводки.
Разбираюсь. Оказывается, после изменений, описанных выше, у большинства проводок в регистре бухгалтерии валюты дт/кт и другие измерения (Подразделение) оказались заполнены пустыми ссылками, хотя должны быть NULL. Новые проводки формируются правильно. Из-за этого запрос по остаткам для зачета авансов выдает чушь.

ТИИ исправило большую часть записей регистра, остальные я добил обработкой, просто перезаписывающей движения по регистратору.
Зачет авансов выправился, но не для всех. Для некоторых запрос по-прежнему выдает чушь. При этом простой запрос из ВТ Остатки выдает правильный результат. Только "РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки" выдает чушь.

Пробовал: ТИИ в разных вариантах, пересчет итогов, удаление итогов.
Что еще попробовать?

(0) выгрузи данные, загрузи данные.. так хотя бы таблички итогов создадутся сами

Была аналогичная ситуация ТиИ все заменило как надо. Почему у вас остались хвосты - непонятно. У нас на тот момент была уже 8.3 в режиме совместимости.

Я так и не понял, что это было, но после очередного ТИИ и перепроведения все выправилось.