В док "Ведомость в банк" для некоторых сотрудников попали начисления с пометкой "в т.ч. ноябрь, 2018", "в т.ч. февраль, 2018".
В расшифровке строки прошлого периода висят плюсом и минусом, в итоге ноль. В предыдущих ведомостях такого не вылазило, в текущую попало.
Перепроведение документов не спасает. Как бороться?

(0) Никак
Выплачивайте и не парьтесь

Посмотреть регистр, из которого заполнение идет, религия не позволяет?

(2) В регистре "Зарплата к выплате" всё нормально. Где еще формируются записи о том, что за прошлые периоды недоплата?

смотрите как выплатили ноябрь

В последних обновлениях ЗУПа упражняются с реквизитом "Статья затрат" - пытаются сделать чтобы можно было по договорам ГПХ в отражении зарплаты на 76 счет отражать суммы.
Соответственно в регистрах взаиморасчетов эта хрень тоже ёрзает.
Я наблюдал ситуацию когда в январе статья затрат "ОТ", в феврале там вообще пусто, в марте опять "ОТ", а в апреле перекидывает пустое на "ОТ". В результате в документах выплаты итоговая сумма верная, но внутри сущий адъ.