1С Толстый клиент. После переноса базы в SQL в журнале документов, выходит ошибка на отбор.

Бывает.

Я не хочу весь код переписывать и отключать везде отбор, наверняка есть где то настройка. Режим совместимости не помог

Наверняка

(2) Тогда придется рассказать, что же это за ошибка. Иначе никак.

Значение не является значением объектного типа (отбор)

(5) Значит идет попытка обратиться к тому чего нет. В отладчике надо посмотреть у объекта какого типа вызывается через точку свойство "Отбор", а так же можно выложить строчку кода, в которой возникает ошибка, а можно и кусок кода, если этого требует контекст.

(5) SQL тут ни при чем. Просто кто-то криво напрограммировал.

Или платформу 1С, заодно с переходом на клиент-сервер, обновили. С очень старой версии на очень новую.