Запрос=Новый Запрос;
Запрос.Текст="ВЫБРАТЬ
             |    Док1.Сотрудник,
             |    Док1.Ссылка.Подразделение,
             |    Док1.Ссылка.Смена,
             |    Док1.Тариф,
             |    Док1.ВремяПлан,
             |    Док1.ПланФОТ,
             |    Док2.ВремяФакт,
             |    Док2.ФактФОТ
             |ИЗ
             |    Документ.Док1 КАК Док1
             |        ПОЛНОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.Док2 КАК Док2
             |        ПО Док1.Смена = Док2.Смена
             |            И Док1.Сотрудник = Док2.Сотрудник
             |ГДЕ
             |    Док1.Проведен = ИСТИНА
             |    И Док1.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2
             |    И Док1.Подразделение = &Подразделение
             |    И Док2.Проведен = ИСТИНА
             |    И Док2.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2
             |    И Док2.Подразделение = &Подразделение";
Если нет документа Док2, то данные Док1 тоже не попадают в результат.

Ну зато условие выполняется

а как сделать?
делать 2 запроса и объединять?

Условие из "где" перенеси в "по" - потому что "где" выполняется условно говоря после соединения. Т. е.

ПО Док1.Смена = Док2.Смена
И Док1.Сотрудник = Док2.Сотрудник
И Док1.Проведен = ИСТИНА

и так далее

(2) Исправить условия

|    Документ.Док1 КАК Док1
             |        ПОЛНОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.Док2 КАК Док2
             |        ПО Док1.Смена = Док2.Смена
             |            И Док1.Сотрудник = Док2.Сотрудник
             |            И Док1.Подразделение = Док2.Подразделение
             |            И (Док2.Проведен = ИСТИНА)
             |            И (Док1.Проведен = ИСТИНА)
             |            И (Док2.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2)
             |            И (Док1.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2)
             |            И (Док2.Подразделение = &Подразделение)
             |            И (Док1.Подразделение = &Подразделение)";

не помогло

|    Док1.Проведен = ИСТИНА
             |    И Док1.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2
             |    И Док1.Подразделение = &Подразделение
             |    И Док2.Проведен = ИСТИНА
             |    И Док2.Дата МЕЖДУ &Дата1 И &Дата2
             |    И Док2.Подразделение = &Подразделение";

Ты этим условием во внутреннее соединение превращаешь

на вскидку:

"ГДЕ

ВЫБОР КОГДА Док1.Проведен ЕСТЬ NULL  ТОГДА ИСТИНА ИНАЧЕ Док1.Проведен КОНЕЦ

И ВЫБОР КОГДА Док2.Проведен ЕСТЬ NULL  ТОГДА ИСТИНА ИНАЧЕ Док2.Проведен КОНЕЦ

И ..."

(0) Использование "И" для всех условий в секции "ГДЕ" делает обязательным наличие обоих документов (Док1, Док2), т.е. ПОЛНОЕ СОЕДИНЕНИЕ превращается во ВНУТРЕННЕЕ.