Правильно ли я понимаю, что если на виртуальной машине поднять несколько служб сервера 1с (агентов), то программной лицензии на сервер (Не клиентской) достаточно одной?
Буду благодарен за ссылку.

Правильно. На одном хосте сколько угодно может быть служб и релизов.