По умолчанию в новых объектах все поля включены в полнотекстовый индекс. Я думаю, что это не очень правильно, так как на создание индекса тратятся ресурсы, а также он занимает место на диске.
Какие поля следует включать в полнотекстовый поиск, а какие нет и почему? Желательно поподробнее, плохо знаком с 1с.

Какие-то проблемы с местом на диске или производительностью?
Вообще этот индекс рассчитан на ситуацию "хочу найти что-то, о чём смутно помню". То есть он весь - перестраховка. Поэтому нужное от ненужного тут отделить очень сложно.

(0) Либо включать все, либо не использовать вообще. Собственно, такая настройка в типовых и предполагается. Иначе смысл механизма теряется.

(1) Просто конфигурация очень большая, поэтому индекс занимает много места. Вот я и думаю, зачем индексировать поле типа Булева или Число?

Полнотекстовый поиск в восьмерке кривой и в том виде как реализован скорее вреден чем полезен. Ну что мешало им хранить индексы ппд в самой базе? Что мешало обновлять данные в индексе по триггеру, а не тупо дергать обновление по расписанию?

(3) Вы много не выиграете

Для служебных обьектов,которые не предполагается показывать пользователю,конечно,выключать,а для остального,пустт все включено,иначе,пользователь,верящий,что найдет в базе Истина,чего-то не найдет.