Есть ли возможность что-то настроить так, чтобы и при изменении конфигурации синхронизация продолжала бы работать?
Нам она говорит (образ), что нужно зайти в конфигуратор и обновить, сама почему-то она этого сделать не может.
Конфигурация сильно не типовая.

Она сама в предприятии не может обновить конфигурацию, патамушта (с) в режиме предприятия метаданные менять нельзя. Для этого существует специальный инструмент