В декларации по ЕНВД есть возможность сделать вычет на сумму страховых взносов.

Однако есть подразделения в разных районах которые платят налоги каждый в свою налоговую.

Соответственно предполагается, что вычет для каждой налоговой должен должен быть на сумму страховых по этому подразделению относящемуся к этой налоговой.

Начисления по обособленным подразделениям вроде сделаны но не получается. Попадает только в одну налоговую. Причем не в основную. Возможно как-то учитываются перечисления взносов.

Вопросы: Реализован ли в принципе такой механизм? Возможно нужно БП КОРП?

да, самый простой ответ в таком вопросе, что надо просто взять КОРП
Вплоть до того, что в обычной БП3 просто не укажешь в субконто плана счетов нужную налоговую. Т.е. когда Организация вынуждена на нескольких налоговых что-то платить - апгрейд на КОРП неизбежен.

(1) Или нанять грамотного буха с грамотным прогом и сделать это вручную.

(2) Вопросы не про это?

ап