Проблема в следующем: на протяжении длительного времени в конфигурации изменялись модули объекта документов. Когда пришла обнова, выяснилось, что в обновлении тоже были внесены какие-то корректировки в модули объекта документов. Можно ли сделать так, что бы эти два модуля объединились полностью, и если да, то как?

Если хочется простого - выгрзуить оба в файлы и сравнить их через WinDidd/ KDiff

Как как... ручками берешь и объединяешь
Включаешь фильтр по дважды измененным объектам и вперед

(0) там она попроцедурно сравнивает модули. Если вы внесли изменения в одну процедуру, а в обновлении корректировки другой,  процедуры, то да, эти модули автоматом объединятся полностью.

но если вы и обновление фигачите в одной и той же процедуре, то тогда вам придется попотеть.

объединить с приоритетом загружаемой, потом сидеть и разбирать комменты

(4) я попроцедурно иду, если вижу свои комменты в процедуре, то или вообще снимаю галку с процедуры (не обновляю) или с приоритетом основной конфигурации. если моих комментов нет, то вообще ничего не делаю, просто загружается новая без приоритетов.