Есть база с огромным числом говна. Видимо с начала существования базы удаление не проводилось.
База распределенная.
Помнится как то на Тис после удаления большого числа объектов при обмене стала появляться очень долгая операция как поиск ссылок.
Для оптимизации работы хочу удалить все что можно, но терзают сомнения.

Удаляй порциями. После каждой - обмен.
Размер порции подбери методом научного тыка.

Ну, можно чистить файл обмена после массового удаления.
но тогда удаление не уйдет в периферийки.
я б почистил без миграции, а затем отклонировал свежие ПБ.

(2) а потом выяснил что по куче объектов правила миграции - место создания и бэкапов периферийных баз нет. )

(3) ну, прежде чем делать - всегда надо думать.

Без предварительного обрезания базы толку будет мало. Как правило всё тянется годами и цепляется друг за друга.

(5) удаление - это часть процесса обрезки.

вообще если в РБД помеченное на удаление не удалено - скорее всего на него есть где-то ссылки. и тогда либо штатно удаляем кусками проводим обмены (только двойные полные по кругу, чтобы информация успела проехать по всем базам и восстановиться если что), либо если есть уверенность - чистим ненужное в ЦБ и периферийках и убираем информацию из файла обмена.
если базы не мелкие - поиск ссылок при обмене действительно может быть очень надолго, иногда на непозволительно долго.

а сколько весит база?

огромным - это сколько?
.
я безболезненно удалял штатно под несколько сотен тысяч обьектов.
.
базу затяни в скуль и удали там - будет намного быстрее