Добрый день.
ЗУП 3.1.10.111.

01.09 была индексация з/п. Коэффициент индексации посчитался корректно.
01.09 делаю простой с 01.09 по 02.09. При расчёте суммы не учитывается индексация, средний не индексируется.

Подскажите, может кто-нибудь сталкивался? Как решить проблему?

а если простой сделать с 02.09 учитывается индексация?

это болезнь любого периодического или интервального ввода данных. Вне зависимости от версии ЗУП 2 или теперь уже 3
Если индексация действует только с начала месяца ( а ее только так и можно вводить ), то она не обрабатывается корректно в тех же самых документах с такой же датой, что и проведенная индексация. Т.е. Когда нужно сделать элементарное кадровое перемещение, то дата кадрового перемещения не должна быть 1-ым числом в месяце индексации.

чтоб все посчиталось приходилось костыль делать - сразу в прошлом шлепнуть индексацию, рассчитать нужные документы, а затем сдвинуть индексацию на правильную дату, но уже не перерасчитывать ничего.