Нужно добавить к максимальному номеру документа с префиксом + 1

Док.УстановитьНовыйНомер(Префикс);

он всегда добавляет следующий к максимальному, который есть ?

(2) не всегда. Учитывается ещё кэш номеров и обработка может перехватываться прикладным кодом (а там может быть что угодно).