Столкнулся с проблемой, что в документе 1с идет дробная строка, а данные берет из xls где в ячейке возможно только одно значение. Как решить данную ситуацию?
Вот так выглядят дробные ячейки в 1с http://prntscr.com/p3m17q
Так как сейчас сделано оно друг друга переписывает из-за одного значения в ячейке http://prntscr.com/p3m2ee

Это не дробные ячейки. Это две колонки. Просто показываются так.
ТАк что ковыряй свою загрузку.

(1) Я бы поостерегся давать советы челу, который нивзубногой не то что в программировании, а в базовых понятиях типа группировка вертикальная/горизонтальная.
ХЗ как он будет интерпретировать твои советы.

(2) Наше дело птичье. Прочирикай, а там хоть не рассветай...