Есть сервер приложений, который крутит базы, на который сервер подключаются через тонкие клиенты, и который сервер раздает лицензии по подключению. Если на хосте сервера запустить файловый вариант базы, то все работает. Однако если попробовать поднять файловый вариант базы на другом компе, то лицензия с компа не обнаруживается. Не могу найти как разрулить такую ситуацию.

Никак не разрулить. Сервер лицензирования раздает только для клиент-серверных баз, которые на этом сервере живут.

(1) ... Однако, если  я запускаю файловую базу на хосте сервера приложений, то файловая лицензию "ловит".

Каким именно способом происходит такой запуск? Опиши подробно, где находится запускаемое приложение пользователя, как этот Пользователь для такого клиентского приложений попадает в "сервер-приложений" и что именно там стартуется.

Вангую, что называемые тобой "тонкие клиенты" находятся внутри этого сервера и видят там все, что им нужно в локальном окружении.

(3) у нас нет RDP, если вы про это.

(2) Она её не "ловит", а просто читает локально из файла

(2) Так она ее "ловит", т.к. на хосте активации запускается. Очевидный же момент

(0) что удивительного в том, что 1С запускается на компе с лицензией?
так и должно быть
технически файл лицензии одинаковый, что для клиент-серверной, что для файловой базы

"поднять файловый вариант базы на другом компе, то лицензия с компа не обнаруживается. Не могу найти как разрулить такую ситуацию" // Программной лицензией, доступной локально, либо аппаратной лицензией, доступной локально или по сети (во втором случае нужен менеджер лицензий)