День добрый. Периодичность регистра - в передалах дня.
При попытке проведения документа ошибка "Запись с ключевыми полями существует". Однако строки не совсем совпадают.
Строка которая существует:
Период: 01.09.2019 ; ВидИзмерения: РасчетПДО; Размер: 16 000; РазмерПДО: ЕПНФ
Строка которую не даёт 1С записать в регистр:
Период: 01.09.2019 ; ВидИзмерения: РасчетПДО; Размер: 16 000; РазмерПДО:
Тут  ресурс РазмерПДО не заполнен, однако система всё равно ругается. Они же не полностью совпадают.
Или если период одинаковый то в этом причина?

(0) одинаковые измерения и период. Остальное(ресурсы и реквизиты) роли не играет

(0) Разберись с понятием "ключевые поля" и что ими является в регистре сведений.
Нельзя задать два разных значения сведений на одно и то же и на одну дату.

Видимо, РазмерПДО должен быть измерением, а не ресурсом.