Надо персчитать валюту и вывести в отдельное окно, сколько изначально было оплачено в рублях. Если коротко: Человек заплатил 100 руб., перевожу в доллары по курсу- 28.1 (* курс для примера, использую стандартную функцию -"ПересчитатьИзВалютыВВалюту"), получаю 3.56$, потом перевожу эту сумму в рубли (3,56*28.1) и получаю 100.04 рубля.

Тяну сумму из документа, где расчеты в $, в другой документ, с тоображением сколько было оплачено в рублях.

В результате, человек заплатил по факту 100р.-это 3.56$ (по выше указанному курсу), но если перевести (через ту же функцию -"ПересчитатьИзВалютыВВалюту")  на рубли, то получаем 100.04 руб. 4 копейки разница. Есть идеи, как избегать таких расхождений из-за округлений?

Никак. 1*3/3<>1.
Храни обе цифры и, возможно, курс документа.

(1) Да, единственный выход походу...

(1) И кратность.

Комплексные числа ещё можно, но я их больше для Ч/Б операций люблю.