Собственно - вопрос.
При перегрузке из УПП в БП 3.0 (самописная) - меняются коды предопределенных счетов, а я не могу найти этот кусочек.

(0) Могут быть где угодно.
Как на стороне выгрузки так и на стороне загрузки.
Первое с чего бы я начал - локализовал бы.
Посмотри XML файл, если в нем коды не поменялись, то это косяк загрузки, если уже измененные - то выгрузки.
Дальше по месту копать.

<Код>Хозрасчетный</Код>
                <Наименование>План счетов: План счетов бухгалтерского учета</Наименование>
                <Порядок>50</Порядок>
                <СинхронизироватьПоИдентификатору>true</СинхронизироватьПоИдентификатору>
                <Источник>ПланСчетовСсылка.Хозрасчетный</Источник>
                <Приемник>ПланСчетовСсылка.Хозрасчетный</Приемник>
                <Свойства>
                    <Свойство Поиск="true">
                        <Код>1</Код>
                        <Наименование>Код --&gt; Код</Наименование>
                        <Порядок>50</Порядок>
                        <Источник Имя="Код" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>
                        <Приемник Имя="Код" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>
                    </Свойство>
                    <Свойство>
                        <Код>2</Код>
                        <Наименование>Наименование --&gt; Наименование</Наименование>
                        <Порядок>100</Порядок>
                        <Источник Имя="Наименование" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>
                        <Приемник Имя="Наименование" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>
                    </Свойство>
                </Свойства>
                <Значения>
нашла! В самом конце

<Источник Имя="Код" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>
                        <Приемник Имя="Код" Вид="Свойство" Тип="Строка"/>  - вот это - удалить бы?

В правилах выгрузки скорее всего 2жды свойство код выгружено