1. Можно ли как-то выгрузить конфигурацию в XML в режиме предприятия?
2. Если идет подключению к серверу 1С предприятия, не вэб, сохраняется конфигурация во временные файлы?

(0) 1) Через консоль вполне возможно (командаСистемы) можешь глянуть как в гит конвертере сделано.
2) не понял вопрос.

(1) > 2) не понял вопрос.

Сталкивался с таким, что вроде обновления на конфигурации есть, но работает по старому, только после очистки кэша заработало. Возможно в кэш помещается конфигурация.