Введенные данные в регистр сведений текущих кадровых данных сотрудников периодически очищаются, в чем причина?

обмен

нет обмена или обмен с чем?

(2) Какой-то обмен. Смотри ЖР. Или, может, кто руками удаляет. Или обработку запускает.

какие регламентные задания в типовой БП 3.0 могут очищать данные регистра ?

(4) любые обработки, которые нетиповые, а вы написали, или какие-то может поддаваны у вас пишут обработки, у них спросите.