Мне нужно создать такую таблицу:
http://ipic.su/img/img7/fs/Snimok.1572521160.png

Столбцы -  Справочник.организации
Колонки - не знаю как задать. Можно ли самовольно их записать? Если да, то как?
На пересечении организации и точек мне нужно выводить количество договоров.
Они задаются в задаче МояЗадача бизнес-процесса МойБизнесПроцесс.
Мол, если договор находится в этой точке и этой организации, то плюсануть его в определенное поле.

Подскажите как это реализовать?

Ну найди вначале где данные хранятся, потом сделай запрос что бы получить тамблицу увида, организация,договор, состояние
потом это запрос выведи с помощью скд .. он тебе нарисует нужную кросс таблицу.

(1) Я с помощью запроса могу получить договор и его организацию.
Состояние зависит от того, в какой точке маршрута находится бизнес-процесс, за котором закреплена задача.

И я умею делать запросы, где только столбец и ниже данные. Как мне добавить еще и строки, которые нигде не хранятся
(то есть я хочу их от руки написать), и как мне заполнить их пересечение количеством бизнес-процессов в зависимости от состояния?

Куда нажать, чем воспользоваться в СКД и не там?

ну начну с простого .. в скд есть вывод кросс таблицы .. это значит любая таблица может быть преобразована в таблицу у которой значение из какого то поля, становится заголовком столбца .. делает она это автоматом, достаточно определить вывод данных в нужной форме.
Что же касается того что вы называете столбцом и ниже данные, то как только вы сумеете отобрать
из задач (а я на память не помню как хранится маршрут )
в виде
организация, договор, текущее состояние .. то далее все очень просто

(3) Я могу получить все эти данные, но что я имею в итоге:
В колонки я ставлю Справочник.Организации

Допустим, в строки я ставлю МояЗадача.ТочкиМаршрута (что не совсем верно, т.к. первая и вторая строки -
точки маршрута (а ведь их много, но мне нужны только 2), а третья - отметка бизнес-процессов, которые не стартованы)

Но на пересечении я должен получить КОЛИЧЕСТВО задач, которые:
1) Находятся в определенной точке маршрута
2) Принадлежат определенной организации

Как мне получить эти числа и взять их в таблицу?

(4) Более того, если у меня нет ресурсов, то у меня пропущен шаг, где я выбираю поля. Сразу группировка

у меня нет базы в которой бы были бы подобные данные, что бы понять как как проходит задача по маршруту и в каких таблицах это отражается.
Но насколько я понимаю, должна быть таблица в которой хранится все движения конкретной задачи по маршруту своих состояний.
Т.е. есть записи где конкретная задача находится и какой у нее статут в этой точке.
Универсальный отчет быстро дает понять как хранятся данные (если умеет подлезать к конкретному набору)