Док Зарплата к выплате, два раз снимает НДФЛ.
Доброго. Уже всю голову сломал.
Конфа, УПП 1,3, ближайший аналог ЗУП 2,5.
В текущем месяце у сотрудника два начисления.
Первое начисление документом «Оплата по среднему заработку»,  была начислена сумма 2766,19. Док НДФЛ не рассчитывает, вкладка неактивна, и запись в регистры связанные с НДФЛ не делает.
Второй документ «Начисление заплаты организации», режим начисления «Первая половина месяца»
Оклад по дням, результат 18000. На вкладке НДФЛ рассчитан 2700. За базу взят весь доход (18000 + 2766,19)*13% = 2700.
Проверил ручным расчетом, и расчет с комментарием также пишет.
Документ пишет только в регистр «Зарплата за первую половину месяца»
Суммы 18000 и -2700.
Далее заполняю «Зарплата к выплате организаций», выплачивать «Аванс по расчету за первую половину месяца» там получаю
Сумму 14940.
Перепробовал все варианты.
Получается.
Пришло.
По среднему расчет командировки в этот док не попадает. Попадает в другой, если сделать  выплачивать «Командировочные»
Аванс
18000
Минус НДФЛ
2700
И еще раз минус 360
(18000-2700-360)  = 14940
Эти 360 явно НДФЛ с командировочных
2766,19*13% = 359,60
Так какого он эти 360 вычитает?
Все перерыл найти не могу. В чем может быть косяк.

Прошел отладчиком. Нашел функцию откуда эта цифра идет.

Функция ПолучитьОстаткиЗарплатыЗаПервуюПоловинуМесяца(ДокументОбъект, ФизЛица = Неопределено) Экспорт

    Запрос = Новый Запрос();

Запрос.УстановитьПараметр("Организация", ДокументОбъект.Организация);
Запрос.УстановитьПараметр("ПоВсемФизлицам", Физлица = Неопределено);
Запрос.УстановитьПараметр("Физлица", Физлица);

Запрос.УстановитьПараметр("ПериодРегистрации", НачалоМесяца(ДокументОбъект.ПериодРегистрации));

Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
| Зарплата.Физлицо,
    | СУММА(Зарплата.СуммаВзаиморасчетов) КАК Начислено
|ИЗ
| РегистрНакопления.ЗарплатаЗаПервуюПоловинуМесяца КАК Зарплата
|ГДЕ
| Зарплата.Период = КОНЕЦПЕРИОДА(&ПериодРегистрации, МЕСЯЦ)
    | И Зарплата.Организация = &Организация
| И (&ПоВсемФизлицам
| ИЛИ Зарплата.Физлицо В (&Физлица))
    |
    |СГРУППИРОВАТЬ ПО
| Зарплата.Физлицо";

Возврат(Запрос.Выполнить().Выгрузить());

КонецФункции

Загнал запрос в консоль.
Немного переделал.
Нашел второй док.
То бишь расчётчик умудрился два раза НДФЛ насчитать, в двух разных доках.

Так что вопрос снимается.

(2) легко. Считаешь в одном. Снимаешь с проведения. Считаешь в другом. Проводишь первый. Вуаля.
Я бы стал смотреть с регистров учета НДФЛ. Там видно в какими документами начислено