Здравствуйте.

Конфигурация УПП 1.3.127.1.

В некоторых случаях нужно оформить, что платит контрагент, но грузополучатель его подразделение (не обязательно обособленное, то бишь кпп может быть и тот же, но адрес доставки другой). Можно, конечно, грузополучателя ввести просто как отдельного контрагента не заполняя инн и кпп, но это не есть гуд, да и хотелось бы видеть к кому он относится. При этом у контрагента можно указать, что он "обособленное подразделение" и выбрать головного контрагента, а можно поставить галочку "входит в холдинг" и опять же выбрать головного.
Собственно на что влияет вариант оформления (подразделением или холдингом)? И как правильнее сделать?

Правильнее не иметь мозг, ибо грузополучателем может быть кто угодно. В том числе третье лицо.