Есть УТ 11.4

Необходимо избавится от ВСЕХ документов в ней.

При свертке в документах ввода остатком остаются ссылки на помеченные на удаление документы.

Как этого избежать?

Ввести остатки без детализации до документа

(1) но это вручную написать перенос таких остатков? Типовая не сможет так?

Подотри после типового ввода остатков, как требуется

(2) перенести типовой, после доделать вручную

Создашь пустую конфу из исходной.
Дальше обработкой "Выгрузка и загрузка данных XML(Упр)" переносишь , что тебе нужно.