накатил на тестовой базе  УПП 1.3.123.3  там удалилось две подписки на событие.
Обновил потестил все устраивает , пробую положить в хранилище и ни в какую .
Ошибка дурацкая:  но если  класть какие нить объекты типа общих модулей без ссылок они кладутся нормально
---- Начало операции с хранилищем конфигурации ----
Неклассифицированная ошибка работы с хранилищем конфигурации.
    
Ошибка сервера

404 - файл или каталог не найден.
  Запрашиваемый ресурс перемещен, переименован либо временно недоступен.



---- Операция с хранилищем конфигурации отменена ----

1. сохранить конфу в файл, отпустить всё захваченное, захватить повторно, положить в хранилище.
2. проверить, что у всех разрабов не висит процесс конфигуратора. снять или ребутнуть и положить.
3. пересоздать хранилище.

но в целом, похоже, что проблемы с доступом, раз 404

Та я грешил бы  на 404   но выделив  пару тройку десятков общих модулей  кладу их спокойно

(2) ну значит проверяй по пунктам.

"отпустить всё захваченное"  не могу :-(

(4) Сравнить/объединить конфигурацию с хранилищем, вернуть две подписки.
Проверить что все операции с хранилищем заработали корректно.
Захватить конфигурацию рекурсивно, удалить две подписки и попробовать заново все выложить в хранилище.

1. захвати подсистемы в которых подписки
2. не удаляй напрямую, делай как в типовых, сначало выключаешь все, что можно и переименовываешь ствавя префикс "удалить_" (при этом будет контроль ссылок, мест испоьзования и при работе могут вылезти ошибки) а иногда (раз в квартал) захватываешь всю конфу и там уже удаляешь.

захвати корень рекурсивно