и в чем проблема? текст запроса - строка. которую никто не мешает модифицировать программно в зависимости от каких-то условий. вплоть до тупо в лом Если <условие> Тогда Запрос.Текст=... Иначе Запрос.Текст=... КонецЕсли
(0) Может пойти др. путем? Добавить во второй запрос условие типа:
ГДЕ &ДелатьОбъекдинение = Истина
Соответственно если параметр не Истина, то выборка 2го запроса просто будет пустая - объединяться будет не с чем.