При выборе отчета в настройках отчета появляются две настройки: Период отчета и Настройка отчета со значением ХаранилищеЗначения, которое никак не редактируется. Как мне предложим выбрать в настройках данного отчета отбор по контрагенту?

Сильно не разбирался, возможно есть другой выход, но все-равно озвучу как можно решить данную проблему: Заходите в сам отчет, настраиваете как вам надо, потом через "Еще -> Сохранить вариант" сохраняете например как "Отчет такой-то для рассылки" и все, выбираете этот вариант в рассылке.

(1) Как вариант, спасибо