После закрытия этапа производства (выпуска продукции) система используемый в этапе производства материал списывает с цеховой кладовой и приходует на подразделение с назначение (только что закрытого этапа).
Т.е. например: у меня в цеховой кладовой есть Мат1 и Мат2 необходимый для выпуска Продукт1. После выпуска Прродукт1 по Этапу 1 в регистре накопления "Товары организации" формируются следующие движения:
Расход Мат1 10 шт (по цеховой кладовой)
Расход Мат2 5 шт (по цеховой кладовой)
Приход Мат1 10 шт (по подразделению) с назначением Этап1
Приход Мат2 5 шт (по цеховой кладовой) с назначением Этап1
Приход Продукт1 1 шт (по цеховой кладовой)