Перешли на ЗУП3.1.
В настройках включена настройка "Проверять соответствие кадровых документом штатному расписанию".
У некоторых сотрудников есть плановое начисление, которое не включено в штатное расписание.
Из-за этого при проведении кадровых документов (например, Кадровое перемещение, Начальная штатная расстановка) программа ругается, что не соответствует штатному расписанию.
Как правильно назначать такие начисления? Есть вариант назначать их отдельно документом "Изменение оплаты труда, но, получается, кадровику нужно создать и Кадровое перемещение, и Изменение оплаты труда одной датой. Разве это правильно?

Вы не поверите, но в таких ситуациях правильно бывает по разному - кому-то хочется включать плановые начисления в позиции штатного расписания, а кому-то не хочется. Где-то желают видеть весь ФОТ в штатке, а где-то только окладную часть и премию от оклада процентом, но не все остальные надбавки.

(1) Ну вот в моем случае, в штатном расписании желают видеть только оклад. А все остальное вводить вторым документом "Изменение оплаты труда" в дополнение к "Кадровому перемещению"?

Да, такое встречается.

Но это на практике способно только замылить глаза и не сильно от случайного раскрытия инфы о сумме заработка каждого работника.
Если информация будет затребована при проверках или в отчетности, то сразу пойдет 2ндфл, к которой обычно кадровиков не подпускают и там все вскроется без проблем.