На форме есть реквизит типа Справочник.
Можно сделать, чтобы были видны строки справочника не помеченные на удаление?
Или нужно формировать список, отбирать туда только "живые" и показывать его?

Можно.
Если УФ, то указываешь ограничение в свойстве элемента формы "Параметры выбора". Если обычный, то в обработчике "НачалоВыбора" передаешь свое ограничение в форму выбора.

я в свойствах реквизита написала Отбор.ПометкаУдаления(Истина). не срабатывает.

А почему же Истина?

(3) да без разницы. выдает все элементы.

(1) вот так напсиала, все равно не получается
СтандартнаяОбработка = Ложь;
ПараметрыФормы = Новый Структура;
Отбор = Новый Структура;
Отбор.Вставить("ПометкаУдаления", ЛОЖЬ);
ПараметрыФормы = Новый Структура("Отбор", Отбор, );
ОткрытьФорму("Справочник.ТипыЦенНоменклатуры.ФормаВыбора", ПараметрыФормы, Элемент);

(5) Для начала скажите, формы у Вас ОФ или УФ?

(6) обычные

(7) А используете методы для УФ. :) Гуглите как установить отбор для ОФ при открытии.

Вот тут например в конце дамочка пришла к результату
Отбор в форме выбора справочника

ФормаВыбора=Справочники.ТипыЦенНоменклатуры.ПолучитьФормуВыбора(,Элемент);
    ФормаВыбора.РежимВыбора=Истина;
    ФормаВыбора.Отбор.ПометкаУдаления=ЛОЖЬ;
    ФормаВыбора.Открыть();
ругается, что поле объекта недоступно для записи.

(10) А если повнимательнее пример посмотреть и в СП почитать про работу с объектом "Отбор"?

...и открывать нужно Модально.

все, получилось

ФормаВыбора=Справочники.ТипыЦенНоменклатуры.ПолучитьФормуВыбора(,Элемент);
    ФормаВыбора.РежимВыбора=Истина;
    ФормаВыбора.Отбор.ПометкаУдаления.Установить(Ложь);
    ФормаВыбора.Открыть();

Супер! :)

(14) осталось получить выбранный элемент ;-)